Suodattimen tehtävä on kerätä vedestä irtoroskia ja tarjota oivallinen asuinpaikka akvaarion hyville bakteereille, jotka muuttavat myrkylliset kuona-aineet kaloille turvalliseen muotoon. Sisäsuodattimet ovat riittäviä pienissä akvaarioissa ja suositeltuja isojen akvaarioiden ulkosuodattimien rinnalle pidentämään niiden puhdistusväliä.